Buyclindamycin.ru

Современные методы лечения

Модификация аптамеров

К повышающим нуклеолитическую устойчивость олигонуклеотидов модификациям относится также замена атома кислорода в 4'-положении на серу в пиримидиновых нуклеотидах (рис. 4). С использованием 4'-тиомодифицированной РНК-библиотеки был получен РНК-аптамер к α-тромбину, содержащий 4'-S-U и 4'-S-C, который был в 50 раз более устойчив к деградации РНКазой A, чем немодифицированные РНК

Весьма эффективно повышают устойчивость к нуклеазам модификации по межнуклеозидной фосфатной группе (рис. 5).

'-фосфоротиоат 5'-α-P-боранофосфат

Рис. 5. Модификации межнуклеозидной фосфатной группы в молекулах аптамеров.

Боранофосфатные межнуклеозидные мостики формируются природной Т7 РНК-полимеразой или AmpliTaq ДНК-полимеразой c использованием 5'-α-P-боранонуклеозидтрифосфатов в случае РНК- и ДНК-аптамеров, соответственно. Данная модификация значительно повышает стабильность аптамера. Другой удачной модификацией аптамеров является включение в их состав фосфоротиоатных межнуклеозидных мостиков Такие аптамеры являются высокоаффинными и существенно более устойчивыми к деградации нуклеазами. Недостатком фосфоротиоатмодифицированных олигонуклеотидов является их неспецифическое взаимодействие с белками in vivo

По аналогии с природными процессами, одним из эффективных способов защиты НК от деградации экзонуклеазами является “кэпирование” (рис. 6). В качестве “кэпа” на 3'-конце олигонуклеотидов используют, например, концевую 3'-3' фосфодиэфирную связь (“инвертированный” тимидин) , или биотиновый “кэп” В качестве “кэпа” на 5'-конце используют полиэтиленгликоль или тринуклеотидный “кэп”, присоединенный к аптамеру 5'-5'-межнуклеотидной связью При этом наличие “кэпа” не затрудняет связывание аптамера с молекулой-мишенью

'-“Инвертированный” тимидин 5'-Полиэтиленгликоль

Рис. 6. Варианты 3'- и 5'- “кэпов” аптамеров.

Шпигельмеры (Spiegelmers) (“зеркальные” аналоги аптамеров, состоящие из L-нуклеотидов) - единственный тип аптамеров, устойчивый к деградации и эндо-, и экзонуклеазами Для отбора шпигельмеров используют комбинаторную библиотеку, состоящую из природных нуклеотидов, но в ходе отбора комбинаторную библиотеку инкубируют с белком-энантиомером белка-мишени. Полученные после отбора аптамеры синтезируют химически с использованием L-аналогов мономеров. Перейти на страницу: 1 2